Mezarı 1935 yılında Türk Tarihini Araştırma Kurumu üyeleri tarafından kazılmış ve kafatası incelenmek üzere alınmış ancak sonraki restorasyon kazısında kafatasının yerinde olmadığı görülmüştür.
Konu ile ilgili tarihçi Mustafa Armağan 18 yıldır Sinan’ın kafatasının bulunması için çaba sarf etse de. "Ne yazık ki bir sonuç elde etmiş değiliz. Sinan’ın kafatası defalarca gündeme getirildi. Kafatasını 1935’de mezardan çıkartan TTK’nın elinde herhangi bir belge bulunmuyor. TTK’ya yaptığım başvurularda söz konusu kafatası araştırmasıyla ilgili belgeyi sorduğumda ellerinde olmadığını söylediler. Kafatasının Şevket Aziz Kansu’ya verildiği biliniyor. Ankara Dil ve Tarih-Coğrafya Bölümü bünyesinde kurulan Antropoloji Müzesi’nde yer aldığı söylense de bu müze hiçbir zaman kurulamadı. Ancak fakültede birçok kafatası örneği var. Muhtemelen Sinan’ın kafatası bu örneklerin içerisinde bulunabilir" şeklinde beyanati ile durumun vahametini ortaya koymuştur.
Dönemin başbakanı Ahmet Davutoğlu konu ile ilgili "bu kara lekenin temizlenmesi için çalışma başlattık desede, maalesef Türkiye'de tarihe saygı bu kadar.
Şimdi diyeceksiniz ki diriye saygı yok ölü için ne bekliyorsun diye.... Siz de haklısınız.
Süleymaniye'nin dengeli kubbelerine bakıp kim iç geçirmez? Rüstempaşa ya da Sokollu camilerinin ufak yapılarını mücevher gibi detaylar ile işleyen Mimar Sinan daha çok tanınmalı ve tanıtılmalıdır.
Dönemin sultanı Kanuni nesillere kalacak ve hayır duasına vesile olacak bir şey yapmak ister ve Sinan su yolları yapmayı önerir. Çok külfetli olan bu işi Sinan öyle maharetle yapar ki Kanuni izni ile kendi evine su bağlanır. Ama gelin görün ki ömrünün sonlarına yaklaştığında "neden onda var da bizde yok diyen komşuları sebebi ile suyu kesilmiştir.
Mezarı bana göre en güzel eseri olan Süleymaniye Camini çevreleyen külliye binalarından mülazımlar medresenin yanındadır.