2005 yılında foxhound isimli askeri birim, alaska'daki "shadow moses" kod adlı adada bulunan nükleer silah imha tesisini işgal eder. big boss'un (naked snake)'in dna'sı ve 1 milyar dolar karşılığında tesisin işgaline son vereceklerini açıklarlar. roy campbell ve solid snake emekli olmalarına rağmen göreve çağrılırlar.
aslında snake'in zorla göreve çağrılması da tasarlanmış bir olaydır ama çok spoiler vermemek için o konulara girmek istemiyorum.
bu arada oyunla ilgili ilginç bir nokta da policenauts ile aynı evrende geçmesidir. hideo kojima da bu evreni kidou senshi gandamu'dan esinlenerek yaratmış. bu sebeple "bir mecha evreni nasıl oluşturabilirim?" diye düşünüyorsanız hideo kojima'nın işlerini incelemenizi tavsiye ederim.
mgs'in policenauts ile aynı evrende olması, insana "acaba zone of the enders da mgs'in dünyasının 22. yüzyılda geçen hikayesi mi?" diye merak ettiriyor.
zaten otacon da animelerden etkilenip mekatronik işlerine girmiş.