20 Mart 2004'te Eccleston'ın 26 Mart 2005'te yeniden yayınlanmaya başlayacak olan efsanevi bilimkurgu BBC dizisi Doctor Who'da Doctor'un 9. enkarnasyonunu canlandıracağı ilan edildi. Eccleston seri ilk başladığında doğmamış olan ve Doctor'u canlandıran ilk oyuncuydu, her ne kadar dizi başladıktan yalnızca birkaç ay sonra doğmuş olsa da. 30 Mart 2005'te, BBC sözde Eccleston'ın söylediği ve Eccleston'un ilk sezondan sonra rolü bırakmaya karar verdiğini çünkü sürekli aynı rolleri tekrar eden bir oyuncu haline gelmekten korktuğunu söyleyen bir açıklama yayınladı. 4 Nisan 2005'te, BBC Eccleston'ın sözlerinin çarptırıldığını, bu beyanın rızası ve onayı alınmadan yayınlandığını meydana çıkardı. BBC ocak ayında Eccleston'ın en başından beri yalnızca bir sezonda oynamayı planladığını halka açıklamak konusunda yaptıkları bir anlaşmayı feshettiklerini kabul etti. Bu beyan gazetecilerin basın ofisine yaptıkları sorgulamalar sonunda yazılmıştı.
Christopher Eccleston, 11 Haziran 2005'te BBC Radyosu'nda katıldığı bir programda Doctor Who'da çalışmaktan zevk aldın mı? sorusuna Karışık, ama uzun bir hikaye yanıtını vermiştir. Eccleston'ın rolü bırakmasının sebepleri İngiliz gazetelerinde tartışma konusu olmaya devam etmiştir. 4 Ekim 2005'te Alan Davies, The Daily Telegraph'a BBC'nin Eccleston'ı fazla çalıştırdığını ve rolü bıraktığını çünkü yorulduğunu söylemiştir. 10 gün sonra, Eccleston Daily Mirror' a bunun doğru olmadığını, ve yaptığı yorumlardan ötürü Davies'e kızgın olduğunu belirtmiştir. 2010'da Lennon Naked hakkındaki bir röportajda, Eccleston diziyi bırakmasının sebebinin Doctor Who'daki çalışma ortamının hoşuna gitmemesi olduğunu ancak rolü aldığı için gurur duyduğunu dile getirmiştir.
7 Kasım 2008'de National Theatre'da, The Writer's Tale kitabının tanıtımı yapılırken Russell T. Davies, Eccleston'ın kontratının yalnızca tek bir yıl için olduğunu çünkü dizinin bir sezonluk yeniden gösteriminin devam edip etmeyeceğinin belirsiz olduğunu söylemiştir. Daha sonraları çok başarılı olduğunu ancak BBC ile şüpheleri olduğunu söylemiştir. Eccleston 2005 yılında, National Television Awards'da Doctor'u canlandırışıyla halkın oylarıyla "En Popüler Erkek Oyuncu" seçildi.
--
spoiler --