en popüler mezhepler ise katoliklik, ortodoksluk ve protestanlık.
1990'larda hristiyanlık japon popüler kültürünün bir öğesi haline gelmiştir. hristiyan olmayan japonlar bile kiliselerde evlenmeye başlamışlardır.
japonya'ya 16. yüzyılda francis xavier ve peter baptist isimli cizvit misyonerleri tarafından sokulmuştur. ama bazı tarihçilere göre çin'de epey taraftarı bulunan nesturi mezhebi, hristiyanlığı cizvitlerden daha önce getirmiştir.
japonya'da hristiyanlığın merkezi nagasaki şehridir. sebebi ise dış ticaretin sadece bu şehrin limanından yapılmasının serbest olmasıdır ki o serbestlik de sadece hollandalılara aittir.
ispanyolların ve portekizlilerin hristiyanlığı kullanarak japonları köle yapmayı başlaması üzerine hristiyanlık 1600'lerde yasaklanmış ve meiji dönemi'ne kadar yasaklı kalmıştır. ispanyol ve portekizliler hristiyan yaptığı japonları "sizi daha rahat yaşayacağınız yerlere götüreceğiz" vaadiyle kaçırıp köle pazarlarında satmışlardır. bu sebeple de nagasaki limanına sadece hollanda gemilerinin girişi serbest kalmıştır. hollandalılar akıllı insanlar oldukları için japonlara kötü davranmamış ve japonların güvenini kazanmışlardır. böylece uzun yıllar boyunca japonya ile ticaret yapabilen tek ülke olduğundan epey de zenginleşmişlerdir. bugün bile japonya'nın en çok ticaret yaptığı ülkelerden birisidir hollanda.
japonya'ya romaji'yi kazandıran james curtis hepburn ise japonya'ya gelen ilk presbiteryen misyoneridir. 1859 yılında japonya'ya gelmiş ve japonya'daki rikkyo üniversitesi'nin kurucuları arasında yer almıştır. ayrıca imparator meiji'nin açtığı meiji gakuin üniversitesi'nde çalışmış ve burada ingilizce-japonca sözlük çalışmaları yaparken romaji'yi bulmuştur. 1905 yılında hepburn'e imparator tarafından üçüncü derece kyokujitsushou nişanı verilmiştir.