magneto, insanlardaki mutasyonu radyasyonla tetikleyen bir cihaz geliştirmiştir. tüm dünya liderlerinin bir araya geldiği gecede cihazı kullanacaktır. sorun şu ki, makine gücünü magento'dan çekmektedir ve bu da magneto'yu güçsüz bırakmaktadır. bu nedenle magneto'da çözümü; dokunduğu mutantın özelliklerini kopyalayan rogue'yi ele geçirmek ve kendi gücünü ona aktarıp makineye güç vermek için kullanmakta bulur. hal böyle olunca, hem doğal yollarla gerçekleşmeyen mutasyon nedeniyle ölebilecek insanları, hemde rogue'yi kurtarmak için x-men ve yolu rogue ile filmin başında kesişen wolverine magneto'yu durdurmaya çalışır.
--
spoiler --