gotları yenip italya'yı fethedince, yaptığı ilk işlerden birisi pers kökenli papa silverius'u tahtından indirip kendi adamı papa vigilius'u papa olarak atamak olmuştur. sonra da papalık seçimlerinde yine bizans destekçisi papa i. pelagius, papa seçilmiştir. bu noktadan sonra bir süre bizans destekçisi papalar papa olmaya başlar.
tabii bu durum halkta "gotlar bile bizim dini işlerimize karışmadı. adamların yaptığına bak..." şeklinde karşılık bulur. üstüne bir de doğu roma topraklarının araplar tarafından fethedilmesiyle suriyeli mülteciler krizi başlar. sasani imparatorluğu ve doğu roma imparatorluğu'nun güneydoğu topraklarında yaşayan keşişler ve din adamları önce konstantinopolis'e sığınırlar. ama sonra ortamı beğenmeyecek olmuşlardır ki roma'ya gitmeye karar verirler.
zaten doğu roma'yı roma olarak görmeyen halk, bir de üstüne bu mültecilerle karşılaşınca hepten isyan noktasına gelir. doğu roma da araplar karşısında yenilgiye uğradıkça daha da sapıtır ve roma üstündeki baskıyı daha da arttırır.
son bizans papası olan papa zacharias, lombardlar ve franklarla işbirliği yaparak papalık üstündeki bizans etkisini kırar. bu noktadan sonra papalık tekrar latinleşmeye ve frankların koruyuculuğu altına girmeye başlar. en nihayetine papa iii. leo, charlemagne'ı roma imparatoru ilan ederek doğu roma'nın italya'daki etki alanını tamamen bitirir.