sınırları içerisinde 3 tane tam teşekküllü havalimanı bulunan şehir. aslında bu havalimanlarının iki tanesi direkt olarak hava kuvvetleri komutanlığı'na bağlıdır. balıkesir, türk hava kuvvetleri açısından önemli bir şehir çünkü bu iki havalimanında hava kuvvetleri komutanlığı'nın 2 ana jet üssü bulunuyor.
bandırma hava üssü: hava kuvvetleri komutanlığı'nın 6. ana jet üssünü bünyesinde barındırır. savaş jeti olarak yalnızca 2 filo f-16 bulunur. lantırn filosu da bu üstedir. pist boyutları 3000x45 m. bu üs askeri statüdedir.
balıkesir hava üssü: hava kuvvetleri komutanlığı'nın 9. ana jet üssünü bünyesinde barındırır. bu üste 3 filo f-16 bulunur. bu üs hem sivil hem askeri kullanıma açıktır. sivil isimlendirme balıkesir merkez havalimanı olarak geçer. pist boyutları 3000x45 m.
balıkesir koca seyit havalimanı: balıkesir'in ege denizi'ne bakan kısmında, yaz turizmini canlandırmak açısından yapılmış olan havalimanı. edremit ilçesindedir. pist boyutları 3000x45 m. bu havalimanı sivil statüdedir.