636'da antakya hz.ömer devrinde ele geçirilince orada bulunan pagan bir tapınağın yerine inşa edilmiştir. 9.yy da bir deprem sonucu ağır hasar gördü. 1098'da 9 ay süren kuşatma sonunda şehir düşünce haçlılar tarafından kiliseye çevrildi. memluk sultanı baybars 1268'de şehri ele geçirince yeniden camii olarak inşa edildi. (kitabede 1275 diye yazıyor)
depremler ve restorasyonlara rağmen şeklini koruyan minaresinin sağında habibün neccar, solunda yahya (barnabas) ve yunus (pavlos) türbeleri yer alır.
camiiye isminin verildiği habibün neccar 'ın hikâyesi şudur; kuran'da kendisinden isim verilmeksizin bahsedildiğine inanılıyor. yasin suresi'nde antakya halkı sapıtınca oraya iki elçi gönderir (yahya ve yunus) sonra da üçüncüsünü gönderir. (şem'un)
ancak uyarıları dinlemeyen antakya halkı sapkınlığı sürdürür. zamanında marangozlukla uğraştığı söylenen bir adam onları elçilerin sözüne kulak vermesi konusunda uyarınca da onu öldürürler. işte bu adamın habibün neccar olduğu söyleniyor.
kur'an'da anlatılan bu olay, 12 havarinin mesih'in mesajinı yaymak için antakya'ya gelmesi ile benzerlik gösterir.