koronavirüsler sadece insanlarda değil, hayvanlarda da büyük sağlık sorunlarına yol açar. genelde hayvanlara birbirlerinin dışkılarından bulaşır.
kedilere bulaştığında, feline infection peritonitis (fip) adlı çok agresif ve ölüm oranı çok yüksek bir hastalığa yol açar. birden fazla kedinin veya hayvanın yaşadığı evlerde görülme oranı daha yüksektir. koronavirüslü kediler, taşıyıcı olarak uzun yıllar yaşasa da, virüs bağışıklık sistemi zayıflamış hayvanları hızlıca ölüme götürebilir. özellikle de sokakta bir arada yaşayan kediler arasında hızlıca yayılır. kedigillerden bazı dağ aslanlarında da koronavirüs tespit edilmiştir.
koronavirüsler köpekler ve köpekgillerde canine koronavirüs enfeksiyonuna (ccv) yol açabilir. ccv, kedilerdeki fip kadar agresif olmasa da ince bağırsak ve lenf bezlerinde çoğalan virüs, yavru köpeklerde çok ciddi sorunlar doğurabilir. yarattığı dehidrasyon ve ishal sonucu, yavru köpeklerin ölümüne yol açabilir.