peder andrew kiernan (gabriel bryne) stigmata olayı yaşayan (insanın vucudunda zamanında hazreti isa'nın taşıdığı yaralara benzer yaraların açılması) genç bir kadının (patricia arquette) durumunu incelemekle görevlendirir. peder kendisini dininin temellerini bile sarsabilecek kadar büyük olayların ortasında bulur.